Fürstbischof Julius Echter stattete seine Stiftung von den ersten Stiftungstagen an mit Gütern aus, und seine Nachfolger vermehrten im Laufe der Zeit den Besitz in der Würzburger Stadtgemarkung und weit darüber hinaus . Dazu zählten Eigentum und Rechte an Höfen, Vogteien, Weinbergen, Kellereien, Mühlen, Schäfereien, Laub- und Nadelwald sowie Gewässer mit Fischereirechten. All dies diente seit jeher der Finanzierung und Versorgung des Spitals.
Waren in früheren Zeiten die einzelnen Höfe Rotkreuzhof und Neumühle in Würzburg, Jobsthalerhof in Hausen bei Gramschatz, Domherrenmühle in Iphofen sowie Sulzhof und Seligenstadt in Prosselsheim verpachtet, so nahm die Stiftung nach dem 2. Weltkrieg die Höfe sukzessive in eigene Verantwortung und Bewirtschaftung.
Heute verfügt die Stiftung mit der Gutsverwaltung Seligenstadt und den dazugehörigen Betriebsteilen Rotkreuzhof, Jobsthalerhof und Domherrenmühle über insgesamt 1.050 Hektar Landwirtschaft, welche die Stiftung mit insgesamt sieben festen Mitarbeitern eigenständig bewirtschaftet.
Der Forstgrundbesitz umfasst im Gebiet der Vorrhön und des Vorspessarts ca. 3.224 Hektar Holzbodenfläche. Die Stiftung zählt damit zu den größten Landwirten und zu den größten Waldeigentümern des Freistaates Bayern.
