Die Apotheke des Juliusspitals versorgt seit über 300 Jahren das Krankenhaus mit Arzneimitteln. In den Räumen der Apotheke befindet sich eine herrliche, noch vollständig erhaltene und kunsthistorisch äußerst interessante Rokoko-Offizin.

Die Stationen und sonstigen Leistungseinheiten des Krankenhauses werden mit industriell und selbst hergestellten Arzneimitteln, Infusionslösungen, Blutprodukten, Verbandstoffen, Laborreagenzien und Diagnostika, sowie mit Produkten für Narkose- und OP-Bedarf beliefert. Die Zytostatika (Chemotherapeutika für Krebskranke) werden zum Schutz des Personals und aus anderen Sicherheitsgründen in einem separaten Labor applikationsfertig in der Apotheke zubereitet.
 
Die Arzneimittel und anderen Produkte werden nach qualitativen, wissenschaftlichen und wirtschaftlichen Kriterien sorgfältig ausgewählt. Regelmäßig wird deren ordnungsgemäße Lagerung und Handhabung auf den Stationen überprüft. Mehrere Würzburger Kliniken werden durch die Apotheke des Juliusspitals mit Arzneimitteln versorgt. Den Ärzten und dem Pflegepersonal stehen die Apotheker in allen Fragen zu Arzneimitteln beratend zur Verfügung.