Nach Fertigstellung des ersten Spitalbaus bestimmte der Bischof am 12. März 1579 in der Fundationsurkunde für seine Stiftung, daß hier "allerhand Sorten Arme, Kranke, unvermugliche, auch schadhafte Leut, die Wund- und anderer Arznei notdürftig sein, desgleichen verlassen Waysen und dann füruberziehende Pilgram und dörftige Personen"  behandelt und betreut werden sollten. Der Fürstbischof übereignete seiner Stiftung zur Deckung ihrer Aufgaben bereits zu seinen Lebzeiten ausreichende Einkünfte und umfangreichen Grundbesitz, wozu neben Weinbergen – unter anderem in der weltberühmten Lage Würzburger Stein – auch land- und forstwirtschaftliche Besitzungen gehörten. Durch diese dauerhafte Vermögensausstattung konnte die Stiftung die Jahrhunderte ohne bleibenden Schaden überstehen, obwohl sehr schwierige Epochen darunter waren.

Die sogenannte "Steinerne Stiftungsurkunde" von Hans Rodlein hängt im Durchgang zum Park.

1699

ließ Fürstbischof Johann Philipp von Greifenclau anstelle des baufälligen Hinterbaues einen großen Neubau, den heutigen Fürstenbau, in strengem Barock von Antonio Petrini errichten. Zur gleichen Zeit wurde von 1705  - 1715 der Gartenpavillon, das spätere "Theatrum anatomicum", von Josef Greising erbaut.
 
1745

brannte der Mittelbau nieder. Der Wiederaufbau erfolgte durch Balthasar Neumann nach den Plänen Antonio Petrinis.
 
1789

begann die Umgestaltung des Vorderbaues an der Juliuspromenade und die Verlegung der Kirche in den Fürstenbau durch die Baumeister Ickelsheimer und Geigel.
 
1945

wurde das Juliusspital durch einen Luftangriff völlig zerstört. Im folgenden Jahrzehnt bis 1956 erfolgte der Wiederaufbau im alten Gewand.